崇祯皇帝朱由检的死给恪守正统观念的人们留下了极大的遗憾，“君非亡国之君”的形象成了后人愿意高举或借助的一种旗号。更重要的是，崇祯皇帝已不属于他自身，而是属于整个明朝政权。他的死也并不意味着明朝力量一夜之间烟消云散。当时，任何聪明的人都没有抛弃崇祯皇帝的形象，而是设法利用他来为自己的利益服务。

李自成率领大顺军锐不可当，攻克北京，成了紫禁城的新主人。当他扬扬自得，走进皇极殿，登上黼座（天子座位）之时，心里不觉泛起了一丝不安。原因很简单，崇祯皇帝朱由检还下落不明。李自成命令全面搜索，宫中每一个角落都找遍了，仍一无所获。大顺尚玺卿黎志升进言：“重围百里，难以飞越，殆匿民间，非重赏严诛可得。此今日大事，不可忽也。”李自成当然不会放过这一重大疑问，旋又下令：献出崇祯帝封伯爵，赏金万两，献太子、二王者赏金千两，隐匿者族诛。

黎志升的判断是符合逻辑的，崇祯帝没有飞越大顺军的重重包围。一位在煤山（万寿山，即今景山）守亭的小太监发现了一匹在地上吃草的马是崇祯帝的坐骑，沿着马迹搜寻，找到了崇祯帝的尸体。三月二十二日，李自成接到这个小太监关于崇祯帝吊死煤山的确切报告，才使忐忑不安的心稍稍平静。然而，崇祯帝的死状对李自成不能不有所触动，“国君死社稷”，“诸臣误朕”的遗诏更加强了李自成对崇祯帝不坏的印象。早在大顺军发布的伐明檄文中就有“君非甚暗”，“臣尽行私”的话，与崇祯皇帝的自我总结不谋而合。此时此刻，李自成无论是作为一个胜利者还是作为一位对崇祯皇帝有同情心的人，他都没有对崇祯皇帝选择报复行动之心，而是决定礼葬崇祯皇帝，厚待太子；相反对明朝遗臣采取了追赃等报复措施。

崇祯帝、周皇后和太监王承恩的尸体被停放在东华门，由农民军花钱买了柳木棺材装殓。崇祯皇帝头戴翼善冠，脚穿滚王渗金靴，第二天迁于施茶庵，任凭明朝官吏吊祭。可悲的是，除了两个和尚念经和四五个老太监守在那里之外，原朝廷上下大小官员没有谁愿意移步来拜祭一下，甚者扬马而去，没有丝毫凄惨之情。李自成、刘宗敏、宋献策、李岩等人都对明朝官僚心存憎恶，礼葬崇祯皇帝在大顺政权似乎没有多少反对的声音，只有军师顾君恩见百官疏请礼葬崇祯帝时表示反对，他说：“诸公半属沽名，岂为旧朝廷起见也。”将疏章撕个粉碎，掷在地上，顾君恩的声音没有引起李自成的重视。李自成命把柳木棺换上朱漆棺、加帝后冠服，改田贵妃墓为崇祯陵墓。二十四日，天祐阁大学士牛金星前往致祭，并装殓太监王承恩。三天后，将棺材运往昌平，原明昌平小官吏赵一桂等捐款募夫，在四月初四日终于把安葬的事办妥。礼葬虽然不可能十分隆重，但他毕竟反映了李自成对崇祯帝的一种评价，同时也是李自成分化瓦解各地仍未投降的明朝文武官员的一剂妙药。

大顺军很快找到了明太子、永王和定王。李自成没有斩草除根的想法，相反，当太子请求速死时，他没有答应只是安慰一番。并依照儒家“兴灭国，继绝世”的理论，分别封以爵位。李自成对于那些为明尽忠、死节的人都表示敬意，命人在他们的大门上书道：“某官停丧于此”。大顺军官员除吊唁外，不再入室。宫人费氏刺杀了农民军将领罗某后自刎身亡，李自成竟令将费氏收葬。牛金星亲自到自缢而亡的明前户部尚书倪元璐家中凭吊，拜曰“忠臣”。那么，李自成等为什么要对这些为明殉节的人如此礼遇呢？这里我们似乎不能用今天的阶级对立的观点来解释，一方面李自成不能脱离于当时的社会文化环境而独存，另一方面这自有他的一番考虑。与此同时，李自成多少同意崇祯帝“百官无义”的观点，而鄙视降官。太监曹化淳献城，希冀得到重用，李自成却大骂道：“你们背王献城，都应斩首。”大学士魏藻德见到李自成时说：“新进三载，叨任宰相，明主不听臣言，致有今日。”李自成不无讥讽地说：“你既新进，即负特宠，当死社稷，怎么会如此偷生苟安？”李自成在北京开展了一场大规模的镇压大太监、大官僚和大豪绅的运动，二十四日于平则门外斩首的明勋卫武臣即有五百余人，而追赃助饷也令明官僚勋旧闻之胆寒。

农民军认为：“卿相所占有的财富，不是盗取朝臣，就是剥削百姓，都属赃物。”刘宗敏派人赶制了五千副夹棍，“木皆生棱，用钉相连，用以夹人，无不骨碎”。其追赃的标准为：内阁阁臣十万，部院、京堂、锦衣卫长官七万或五万、三万，科道、吏部官员五万、三万，翰林院官三万、二万、一万，部属以下以千计，勋戚之家数目不定，直至人财两尽而后止。周皇后之父嘉定伯周奎在北京危亡、崇祯帝请助饷之际仅捐助一万两银子，但在农民军的夹棍、脑箍和烙铁面前交出银子五十万两和珍珠币物数十万。大学士魏藻德在崇祯皇帝朱由检劝捐时只出银四百两，上了夹棍就吐银以万计。刘宗敏审问他首辅乱国罪行，但魏藻德说：“我本一介书生，不谙政事，兼之先帝无道，才会到今天这种地步。”刘宗敏闻言大骂，说：“崇祯有什么地方对不起你，时至今日，你还诋毁他无道。”即吩咐重重用刑，至夹脑至裂而毙。李自成还下令用白杨铁杖将大小太监数万人驱逐出城。追赃直至四月十二日才告一段落，共计获赃银七千万两，是崇祯初年每年正赋三百二十万两的十多倍，其中贵族勋戚占十分之三，内监也占十分之三，百官、商贾各占十分之二。在追赃上，李自成获得了胜利。然而，追赃并不能解决大顺政权的财政问题。同时，打击面过大，使得一些原拟投降大顺的明朝官僚望而却步。这些亡明势力或向南方转移，继续拥立明室，或向东北清政权靠拢，成为新朝的马前卒。